Está integrada por 153 Municipios, la totalidad de Municipios del país, que se constituyen en Asamblea General, máximo órgano de gobierno integrado por los Alcaldes, en representación del gobierno local. A su vez el Consejo Nacional de AMUNIC es un órgano intermedio de carácter consultivo, integrado por 17 miembros que representan a los Departamentos o Regiones Autónomas.
La Junta Directiva, electa por la Asamblea General cada dos años, preside a esta y es el órgano de administración de AMUNIC, está integrada, según estatuto vigente por un presidente, dos vice-presidentes, un secretario, dos tesoreros, dos fiscales, tres vocales y dos invitados especiales, uno de la RAAN y otro de la RAAS.
La Dirección Ejecutiva es la instancia operativa de AMUNIC, esta integrada por la Directora Ejecutiva y las áreas de trabajo.
AMUNIC es miembro activo de la Federación de Municipios del Istmo Centroamericano –FEMICA y de la Federación Latinoamericana de Ciudades, Municipios y Asociaciones de Gobiernos Locales (FLACMA).
AMUNIC lo conforman los 152 municipios de Nicaragua, el esquema que se muestra a continuación representa la estructura gremial de la Asociación.
